O primeiro vice-rei foi nomeado ainda durante a União Ibérica pelo rei espanhol Felipe IV (III de Portugal). Nomeou o Marquês de Montalvão (Jorge de Mascarenhas) em 1640, destituído no ano seguinte por um levante pró-restauração dos Bragança em Salvador, assumindo interinamente o governo da colônia um triunvirato indicado pela Câmara de Salvador. Em 1714, D. João V recriou o cargo, suprimindo assim o cargo de governador-geral, nomeando o Marquês de Angeja (Pedro Antônio de Noronha Albuquerque e Souza).

Os vice-reis tinham sua sede em Salvador até 1763, quando o Conde da Cunha (Antônio Álvares da Cunha) transferiu a capital da colônia para o Rio de Janeiro sem ordem real (mais tarde consentida pelo monarca), pois garantia melhor controle do governo sobre a região mineira e mais próxima das áreas de conflitos com os espanhóis no Sul da colônia. O cargo de vice-rei perdurou até 1808, com o Conde dos Arcos (Marcos de Noronha e Brito), sendo ele o último dos vice-reis por ocasião da chegada da corte portuguesa ao Brasil. O vice-rei foi substituído pelo príncipe regente D. João (posteriormente D. João VI).

O cargo de vice-rei foi uma forma encontrada para centralizar a autoridade real e o governo na colônia, visto que as dimensões continentais dessas colônias superavam em muito o tamanho da metrópole. O vice-rei era subordinado diretamente ao rei, desenvolvendo as políticas administrativas reais para a colônia, sem interferência de outros aparelhos burocráticos na metrópole, salvo sobre nomeações de governadores e capitães-gerais (o que ainda passava pela autoridade real). O poder do vice-rei foi substancialmente reforçado durante o governo do Marquês de Pombal, que deu maiores poderes ao vice-rei para o controle da administração na região mineira e para revitalizar economicamente a região açucareira.